ระบบบำบัดน้ำเสียที่ก่อสร้างเรียบร้อยแล้วและได้มีการเดินระบบ
ที่ผ่านการตรวจสอบขีดความสามารถของหน่วยบำบัดย่อยต่างๆ
เมื่อถูกใช้งานเป็นระยะเวลานานจะเกิดการเสื่อมโทรม
และประสิทธิภาพน้อยลง การบำรุงรักษาระบบที่ถูกต้อง จะช่วยยืด
อายุการทำงานของระบบและเครื่องจักรอุปกรณ์ให้นานขึ้น
ดังนั้นควรมีการบำรุงรักษาหน่วยบำบัดย่อยต่างๆอย่างสม่ำเสมอ
การรักษาระบบบำบัดน้ำเสีย ในส่วนของการดูแลทั่วไปเพื่อให้ระบบบำบัดน้ำเสีย
มีสภาพแวดล้อมที่ดี มีความเป็นระเบียบเรียบร้อย มีการรักษาความสะอาด จัดระบบการ
ทำงานให้เหมาะสมทั้งด้านความสะดวกและความคล่องตัว บำรุงรักษาสภาพโครงสร้าง
และเครื่องจักรอุปกรณ์ให้สามารถใช้งานได้ดีตลอดเวลา มีการจัดระบบควบคุมดูแล
จัดระบบการจัดการกากของเสีย ป้องกันมิให้เกิดสภาพแวดล้อมที่ไม่ดี เช่น กลิ่นเหม็น
            
การบำรุงรักษาระบบเอเอส
ตรวจสอบประจำ และมีการบำรุงรักษาล่วงหน้าอย่างสม่ำเสมอเพื่อให้เครื่องสูบน้ำเสียมีประสิทฺภาพในการทำงาน และมีอายุการใช้งานงานขึ้น
ตรวจสอบและบำรุงรักษาและแก้ไขเครื่องเติมอากาศให้สามารถทำงานได้ดีตลอดเวลาทำความสะอาดหัวกระจายอากาศในกรณีระบบการเติมอากาศเป็นแบบเป่าอากาศ (Diffuser Systems )
หัวกระจายแบบฟองละเอียด (Fine Bubble Diffluser) ส่วนใหญ่ทำด้วยถุงไนล่อน หรือ เคคอนและห่อหุ่มด้วยซาแรน ซึ่งถ่ายเทอากาศได้ดี แต่เกิดการอุดตันง่าย ต้องบำรุง
รักษาอย่างดี
ทำความสะอาดรางระบายน้ำล้นให้สะอาดเสมอซ่อมบำรุงเครื่องกวาดตะกอนให้อยู่ในสภาพพร้อมใช้งาน

การบำรุงรักษาระบบแผ่นกรองชีวภาพ
เติมน้ำมันหล่อลื่นเพื่อลดการสึกหรอของอุปกรณ์ขับเคลื่อนแผ่นสัปดาห์ละครั้ง
 เปลี่ยนน้ำมันหล่อลื่นในเฟืองทดลองและตรวจเฟืองโช่ทุกๆ 3เดือน
 ควรมีหลังคาเพื่อป้องกันไม่ให้น้ำฝนชะล้างจุลินทรีย์ที่เกาะที่ผิวแผ่นหมุนชีวภาพ

การบำรุงรักษาบ่อผึ่ง
ดูแลรักษาตัวบ่อให้อยู่ในสภาพเรียบร้อยและแข็งแรงซ่อมแซมขอบบ่อ ตัดหญ้า กำจัดวัชพืช และเอาตะกอนออกเป็นครั้งคราวช้อนฝ้าไขที่ลอยอยู่บนผิวหน้าของบ่อเป็นประจำ

การบำรุงรักษาบ่อเหม็น
ดูแลรักษาตัวบ่อให้อยู่ในสภาพเรียบร้อยและแข็งแรงซ่อมแซมขอบบ่อ ตัดหญ้า กำจัดวัชพืช เมื่อตะกอนถึงครึ่งหนึ่งของบ่อ ควรนำตะกอนออก
 บำรุงรักษาเครื่องป้อนสารเคมี เพื่อปรับ พีเอชในบ่อเหม็นให้สูงเพื่อแก้ปัญหาเหม็นเปรี้ยวของกรดอินทรีย์